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Agent guide: [/agents.md](https://www.wearedevelopers.com/agents.md). --- # Ingénieur en analyse d'images et traitement de données - Thérapie génique (H/F) - **Company:** CNRS - **Location:** La Salvetat-sur-Agout, France - **Experience:** Experienced - **Salary:** €30,252.0 - **Contract:** Temporary contract - **Skills:** Business Analytics Applications, Data Analysis, Cluster Analysis, Image Analysis, Data Security, Data Visualization, Human-Computer Interaction, Python (Programming Language), Software Tools, Software Engineering, Management of Software Versions, Git - **Published:** October 13, 2026 - **Apply:** https://www.indeed.com/viewjob?jk=d2bb4329c0757eaa ## About the Role Formation et expérience Niveau de formation requis : * Licence (bac+3) avec 3 à 5 ans d'expérience en analyse d'images biologiques. * Maîtrise des outils d'analyse d'images (Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik…). * Connaissances de base en programmation scientifique (Python, R). * Capacité à gérer des workflows analytiques et à produire des rapports clairs et reproductibles. * Maîtrise de l'anglais scientifique, à l'oral et à l'écrit, * Maîtrise des outils d'analyse d'images microscopiques : Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik. * Compréhension des principes de microscopie fluorescence et confocale ; capacité à dialoguer avec des spécialistes de l'imagerie. * Expérience dans le développement ou l'adaptation de workflows d'analyse semi-automatisés. * Connaissances de base en programmation scientifique : Python ou R (ex. : gestion d'images, traitement de fichiers, visualisation de données). * Une première exposition à l'analyse de données de transcriptomique (bulk/single-cell) ou spatiale est un atout. * Capacité à produire une documentation technique claire, à assurer la traçabilité et la reproductibilité des analyses. * Expérience en développement d'applications ou d'outils logiciels pour l'analyse d'images biologiques, de la conception à la mise à disposition des utilisateurs. Compétences transversales * Rigueur, sens de l'organisation et autonomie dans la gestion de tâches techniques. * Curiosité scientifique et volonté d'apprendre des outils et méthodes variés. * Bon relationnel et aptitude à travailler en interface avec des biologistes, bioinformaticiens, ingénieurs en imagerie et personnels de plateformes. * Capacité à s'adapter aux évolutions des besoins du projet (nouveaux outils, nouvelles données). * Compétences en communication écrite et orale, en anglais (lecture de publications, rédaction de protocoles, échanges en consortium international). Autres compétences appréciées Contraintes et risques : * Travail prolongé sur écran. * Respect des échéances liées au calendrier du projet et aux réunions du consortium international. * Respect des règles de confidentialité et de sécurité des données du projet (données non publiées, stockage et sauvegarde sur les infrastructures de l'institut). Votre Environnement de Travail L'equipe "Adénovirus : Récepteurs, Trafic Intracellulaire et Vectorologie" dirigée par Eric Kremer à l'Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM) est reconnu pour ses travaux sur les vecteurs viraux innovants, en particulier les adénovirus canins (CAV-2), destinés à la thérapie génique du système nerveux central. Grâce au soutien de la Dravet Syndrome Foundation, un projet international a été lancé pour développer des vecteurs viraux permettant de restaurer l'expression du gène SCN1A, dont la mutation est responsable du syndrome de Dravet. Ce projet vise également à mettre en place un système de cartographie des réseaux cérébraux modifiés après injection des vecteurs, en ciblant notamment des sous-populations neuronales, y compris - mais sans s'y limiter - les neurones GABAergiques, dans le but de moduler les réseaux neuronaux impliqués dans la maladie. La personne sera impliquée dans le développement et la mise en œuvre de workflows semi-automatisés pour quantifier la transduction dans différentes régions du cerveau et prédire les effets de l'édition génétique. Il/elle participera également à l'analyse de données issues du séquençage d'ARN et de la transcriptomique spatiale, sous la supervision du responsable de projet et en collaboration avec la plateforme locale de l'IGMM. ## Description * Le développement, l'implémentation et l'optimisation de workflows semi-automatisés pour quantifier la transduction virale dans des tissus cérébraux. * L'analyse d'images issues de la microscopie confocale et à champ large, en lien avec les marquages cellulaires et les zones de transduction. * La participation à l'analyse de données transcriptomiques (bulk et single-cell RNA-seq) et de transcriptomique spatiale, en collaboration avec les plateformes et les équipes bioinformatiques. * L'intégration des résultats d'imagerie et d'analyse génomique pour aider à cartographier les réseaux neuronaux modifiés suite à l'injection des vecteurs viraux. * La documentation des analyses, la rédaction de protocoles, et la participation à la valorisation scientifique du projet (rapports, publications, présentations). * Concevoir et développer des applications et outils logiciels dédiés à l'analyse d'images (interfaces utilisateur, plugins, scripts packagés), permettant aux biologistes de l'équipe d'exécuter les pipelines de façon autonome. L'Activité * Prétraitement, segmentation et quantification d'images issues d'immunohistochimie et d'immunofluorescence sur tissu cérébral (modèles murins). * Utilisation de logiciels tels que Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik, et outils de traitement par scripts personnalisés (Python ou R). * Développement ou adaptation de workflows automatisés pour l'analyse d'images en grand volume (batch analysis), incluant la reconnaissance cellulaire, la mesure d'intensité et la cartographie des signaux. * Contribution à l'analyse de données transcriptomiques et spatiales, en lien avec les résultats d'imagerie (compétences en visualisation, clustering, annotation cellulaire). * Collaboration étroite avec les biologistes, virologues, et bioinformaticiens du laboratoire ainsi qu'avec la plateforme d'analyse de l'IGMM. * Participation à l'interprétation biologique des données et à la formulation d'hypothèses sur les effets de la thérapie génique sur les circuits neuronaux. * Documentation précise des workflows utilisés, mise en place de procédures reproductibles (versioning, traçabilité), et participation à la diffusion scientifique des résultats. * Développement, test et maintenance d'applications d'analyse d'images (par ex. plugins Fiji/ImageJ, extensions QuPath, applications Python), incluant la gestion des versions (Git) et la rédaction de la documentation utilisateur.