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# Data scientist - secteur développement durable projet CEDRE F/H

- **Company:** Agence Aix
- **Location:** Marseille, France (Remote available)
- **Experience:** Starter
- **Contract:** Temporary contract
- **Skills:** Business Analytics Applications, Continuous Integration, Extract Transform Load (ETL), Python (Programming Language), Management of Software Versions, SHAP (Shapley Additive Explanations), Deep Learning, Git, Docker
- **Published:** October 19, 2026
- **Apply:** https://www.indeed.com/viewjob?jk=bc79055621481818

## About the Role

Vous êtes diplômé·e au minimum d'un Bac+3 dans le domaine informatique ou mathématiques/IA et disposez d'une première expérience dans ce domaine avec une appétence pour le développement durable.

Compétences métiers et/ou techniques

 * Programmation : Python niveau avancé exigé pour le traitement de données et l'automatisation de tâches
 * Compétences solides en conception et optimisation de pipelines de traitement de données volumineuses (ETL). Maîtrise d'un gestionnaire de workflows (Snakemake, Nextflow) indispensable
 * Connaissance approfondie des bonnes pratiques de développement, incluant le versioning (Git), les tests et l'intégration continue
 * Des compétences en déploiement sur serveur ou cloud et en conteneurisation (Docker) seraient un atout majeur
 * Une première expérience avec des données scientifiques (spectrométrie de masse, chromatographie) et des outils spécialisés du domaine, Langue anglaise : B2 au minimum
Capacité à mettre en œuvre une démarche qualité

Pour finir..

Vous travaillez en mode projet.
Vous avez une grande capacité de conceptualisation.
Vous aimez le travail en équipe.
Vous êtes autonome et faites preuve de réactivité.

Un processus de recrutement fluide et transparent

## Description

L'ingénieur recruté ou l'ingénieure recrutée sera sous l'autorité hiérarchique de la responsable du Pôle DATA de CEDRE et fonctionnelle du Chargé d'affaires de la thématique dédiée de la CISAM.

Un comité composé de CEDRE et CISAM + définira les délais de réalisation des tâches affectées à l'agent, ses projets prioritaires à traiter et supervisera leur bonne réalisation., * Concevoir, entraîner et valider des modèles d'IA (deep learning, modèles hybrides) pour classifier, prédire et identifier des motifs inédits dans des données scientifiques complexes

 * Développer des pipelines de prétraitement robustes et reproductibles pour nettoyer, formater et structurer de grands volumes de données issues de l'imagerie et du séquençage
 * Rendre les modèles interprétables (XAI) et croiser les résultats prédictifs avec les connaissances du domaine pour guider la recherche expérimentale
 * Documenter rigoureusement les méthodes, les données et les codes pour assurer la reproductibilité des analyses et faciliter leur transfert aux équipes de recherche

Activités principales

Prétraitement et structuration des données :

 * Nettoyer, formater et structurer les données issues de séquençage et d'imagerie électronique
 * Développer des pipelines adaptés aux grands volumes de données biologiques et d'imagerie

Modélisation et apprentissage automatique :

 * Concevoir et entraîner des modèles hybrides (deep learning + règles bioinformatiques ou physiques)
 * Appliquer des algorithmes de classification, détection d'anomalies et de clustering

Analyse et Découverte :

 * Identifier des modifications inédites dans les ADN/ARN viraux et prédire de nouvelles protéines
 * Développer des outils d'analyse automatique de clichés de microscopie électronique à balayage (MEB)

Exploration et interprétation des résultats :

 * Visualiser et expliquer les sorties des modèles (XAI, SHAP, etc.)
 * Croiser les résultats biologiques, structuraux et prédictifs pour guider les hypothèses scientifiques

Conditions d'exercice

Son temps de travail sera réparti entre le campus de St Jerome (CEDRE) et ses laboratoires/instituts d'intervention, au sein des autres campus où les projets ont été identifiés (à définir).

Il ou elle sera amené(e) à se déplacer régulièrement sur les sites d'Aix-Marseille, ou effectuer des missions dans le cadre de son activité.

Des activités supplémentaires de formation initiale à l'université, ou d'encadrement d'étudiants, pourront lui être proposées, en dehors des heures de travail ou pendant les congés., Rejoindre AMU, c'est bénéficier d'un environnement de travail socialement engagé :

 * Selon le cadre de la structure, une flexibilité dans l'organisation de la semaine de travail est possible : deux dispositifs ouverts dès 2 mois d'ancienneté en accord avec le manager : Le télétravail et la semaine en 4j ou 4,5j

 * Un équilibre des temps de vie : bénéficiez jusqu'à 50 jours de congés dès la première année, puis 58 jours après un an (varie selon l'organisation choisie et le temps de travail)

 * Une prime mensuelle et annuelle dès 12 mois d'ancienneté pour les agents non titulaires et application du RIFSEEP pour les titulaires

 * Un accompagnement personnalisé pour les personnels en situation de handicap

 * La prise en charge des transports en commun à hauteur de 75% compatible avec un forfait mobilité durable

 * La possibilité d'une place de parking ou d'un forfait mobilité durable pour l'utilisation de cycles sur les trajets domicile-travail

 * Un accès à des prestations dans différents domaines : loisir, sport, culture et social