Analyste de données génomiques et inférences évolutives (H/F)

Le post-doctorant sera responsable de l'analyse de données de séquençages par capture et de séquençages de génomes entiers d'octocoralliaires. Les données seront acquises au démarrage du contrat. Le poste est uniquement axé sur l'analyse des données. Le projet impliquera une collaboration avec le Parc National des Calanques. Le post-doctorant bénéficiera pourra utiliser les clusters de calcul de l'OSU Pythéas et de l'IFB.

Activités

• analyse et tri des séquences, recherche de polymorphismes
• étude des patrons génomiques de diversité et de différenciation entre espèces
• tests de scénarios d'évolution
• recherche de locus sous sélection, notamment en lien avec l'introgression

travail en ligne de commande, y compris sur cluster de calcul

• programmation bash, R, Python
• manipulation de données génomiques
• connaissances en biologie évolutive, génétique des populations, spéciation et hybridation

Contexte de travail Le poste est proposé à Aix-Marseille Université en génomique des populations. L'objectif est d'étudier le rôle de l'introgression adaptative dans un contexte de populations soumises à des environnements contrastés et notamment impactés par des sources de pollution locales. Le présent contrat sera dédié à l'étude des populations d'octocoralliaires. Le projet HYAM (pour "Hybridation and Adaptation in a Mediterranean coastal city") financé par la fondation A*Midex a débuté 2024 et se terminera fin 2027. HYAM est dirigé par Alex Baumel (laboratoire IMBE) et Didier Aurelle (laboratoire ISYEB) et regroupe plusieurs équipes offrant des collaborations riches et diverses aux frontières de la biologie évolutive, de l'écologie et de la conservation de la biodiversité. Le travail se fera en étroite collaboration avec les partenaires du projet, avec une communication régulière sur l'avancement du travail., Le candidat ne doit pas avoir obtenu son dernier diplôme à Aix-Marseille Université., Débutant accepté

Exigences

Géotechnique | Etablir des résultats d'analyses et de mesures | Interpréter les relevés géologiques de sols, sous-sols, roches et étudier les caractéristiques (étendues, compositions, géométrie, etc.) | Réaliser des relevés de sondage, forage, pollution des sols et sous-sols | Communiquer les résultats des études aux parties prenantes | Communiquer, lire et rédiger des documents techniques, des rapports, des notes en anglais