en bio-informatique

• Vous rejoindrez l’unité mixte de recherche « Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne » (UMR 1287 EGFV), basée à l’Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), près de Bordeaux. Cette unité de recherche rassemble une équipe de recherche pluridisciplinaire spécialisée en écophysiologie, physiologie végétale, biologie moléculaire et génétique. Ses recherches portent sur la compréhension du fonctionnement des vignes greffées et des déterminants de la qualité des baies de raisin dans le contexte du changement climatiques, afin d’identifier des solutions d’adaptation. L’UMR EGFV est structuré en 4 thèmes de recherche et en charge du programme d’innovation vigne-porte-greffe en France. L’unité offre un environnement scientifique et technique exceptionnel, intégrant des chercheurs de l’INRAE, des enseignants et des étudiants de l’Université de Bordeaux et de Bordeaux Sciences Agro.

• Nous recherchons un.e ingénieur.e très motivé.e pour contribuer au projet MUSCASEQ, qui s’intéresse à la caractérisation des gènes de résistance aux ravageurs du sol (nématodes et phylloxera), et plus particulièrement ceux issus d’une source Muscadine, dans des conditions environnementales variées. Il s’agit de participer à l’assemblage de la séquence du génome d’un hybride de vigne majeur pour la sélection variétale et de conduire un travail d’annotation et de caractérisation des gènes de résistance, en réponse à des contraintes biotiques. Le ou la candidat.e retenu.e rejoindra un collectif composé de bioinformaticien-ne-s, de généticien-ne-s, de biologistes, de nématologistes qui accompagne de nombreux projets de recherche en partenariat. Au sein de l’UMR EGFV, vous serez rattaché.e aux thèmes ROOTi et GENEPI. Vous travaillerez également en étroite collaboration ainsi que l ‘unité de recherche ISA de Sophia Antipolis sur les aspects d’annotations. Cela pourra vous amener à effectuer des missions sur place. Dans le cadre de MUSCASEQ vous aurez également des échanges avec l’unité GénoVigne de l’Institut Français du Vin. Cet environnement vous permettra de vous intégrer à un réseau scientifique actif. Vous interviendrez dans un contexte où les données génomiques prennent une place croissante dans les projets de recherche.

• Vos responsabilités seront les suivantes:

Votre mission consistera à créer et structurer un jeu de données génétiques, génomiques et transcriptomiques concernant un clone d’intérêt pour la création de futurs porte-greffes de vigne.

Vous aurez en charge des activités suivantes :

• Réalisation de l’assemblage d’un génome de plante à partir de données génomiques de type «long reads» (PACBIOHifi) déjà obtenues.
• Vous intégrerez les données génétiques (carte génétique) déjà obtenu par le consortium en liaison avec l’unité GénoVigne.
• Vous réaliserez l’annotation structurelle et fonctionnelle du génome (i) en vous appuyant sur des annotations de génomes déjà publiés et (ii) sur des données transcriptomiques qui seront générées au cours du projet. Un focus particulier sur l’annotation et la distribution des gènes de résistance dans des zones d’intérêt sera réalisé en appui de l’unité ISA.
• Vous utiliserez /mettrez en œuvre des pipelines / workflow en utilisant des outils existants.
• Vous gérerez les données brutes et pré-traitées, et assurer leur mise à disposition dans des répertoires dédiés
• Vous évaluerez les outils existants pour retenir les solutions les plus adaptées aux besoins du projet
• Vous assurerez une veille scientifique sur les méthodes et outils innovants
• Vous participerez aux réunions dédiées à l’avancement du projet, vous y présenterez vos résultats et vous participerez à la rédaction des publications des résultats de ce travail

Master/Ingénieur (Bac+5)

• Diplôme minimum requis:Master 2 en bioinformatique ou génétique et amélioration des plantes, avec expérience.

Connaissances souhaitées: - Connaître les données génomiques et transcriptomiques

• -Connaitre les outils d’assemblages de génomes, d’annotations et les outils de visualisation.
• Utiliser des outils de gestion de workflow (ex. : Nextflow)
• Gérer des outils de versioning (ex. : GitHub)
• Développer/utiliser des pipelines et réaliser des analyses bibliographiques d’outils informatiques
• Communiquer en anglais dans un contexte de collaboration scientifique.
• Aptitudes recherchées:
• Rigueur et sens de l’organisation
• Autonomie et curiosité
• Goût pour le travail en équipe
• Intérêt pour la génomique, la génétique et la science des données.

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :

• jusqu’à30 jours de congés+ 15 RTTpar an (pour un temps plein)
• : CESUgarded’enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences: , ;
• : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• :chèque-vacances,hébergements à tarif préférentiel ;
• ;
• d’unerestaurationcollective.

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantéesdans 18 centres surtoute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.