végétale

Vous exercerez votre activité au sein de l’Unité Ressources en Génomique-Info (URGI) sur le site INRAE de Versailles. Cette unité de services en bioinformatique d’une vingtaine de personnes développe des outils et des connaissances en lien avec deux grands thèmes, « Fédérations de données » et « Évolution des génomes en lien avec les éléments transposables ».

L’URGI est une plateforme de bioinformatique des plantes d’envergure internationale qui (i) centralise, intègre et analyse les données génomique et génétique des plantes d’intérêt agronomique à travers le système d’information GnpIS. (ii) Elle assure également le développement et l’exploitation de standards de données (MIAPPE, BrAPI) utilisés par nos portails de données internationaux (WheatIS, FAIDARE) et nationaux (RARe). Enfin, l’URGI propose un service (iii) d’annotation standardisée et haut débit des éléments répétés dans les génomes. Elle est intégrée dans l’Infrastructure de Recherche INRAE BioinfOmics faisant partie de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et fournis un support aux infrastructures de Phenomique végétale (Pheome-Emphasis.fr) et de ressources génétiques (RARe). Via l’IFB, elle appartient à l’infrastructure européenne ELIXIR.

Vous contribuerez au développement du portail de données FAIDARE (https://urgi.versailles.inrae.fr/faidare/ qui rassemble et indexe des données provenant de 36 sources internationales. Il repose sur une architecture modulaire avec une application de recherche (https://forgemia.inra.fr/urgi-is/data-discovery) et une de présentation des résultats et des web services (https://forgemia.inra.fr/urgi-is/faidare). Il utilise les technologies Spring, Angular, Tymeleaf, Elasticsearch et offre un accès aux données via des web services implémentant la BrAPI (www.brapi.org). Enfin, l’indexation et les flux de données ETL (Extract Transform Load) sont écrits en python (https://github.com/elixir-europe/plant-brapi-etl-faidare avec quelques outils bash. La maintenance est assurée par trois ingénieurs et un prestataire de service (https://ninja-squad.fr/). L’activité de recherche et développement explore actuellement la connexion avec des graphes de connaissances et leur potentiel exploitation via des approches s’appuyant sur des systèmes d’intelligence artificielle générative (Biochatter, https://biochatter.org/latest/ ).

La personne recrutée devra participer à l’implémentation de nouvelles fonctionnalités en particulier au niveau du backend (Spring, Elasticsearch, python). Des contributions au niveau de la couche angular pourront être envisagées. Elle devra aussi bien participer au développement qu’au suivit du projet, en contribuant à toutes les couches applicatives et à leur interopérabilité. La capacité à interagir avec certains partenaires externes serait un plus., Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources.

Pour répondre à ces grands enjeux mondiaux, nous avons besoin de renfort dans nos équipes. Des métiers de la recherche aux métiers de l’appui, l’INRAE recrute à tout niveau de diplôme (du CAP/BEP à Bac+8) !

Vous êtes titulaire d’un diplôme de master ou d’une école d’ingénieur en informatique, en bioinformatique.

Une expérience en développement logiciel, intégration de données ou développement d’applications web est souhaitée ; des connaissances en biologie seraient un plus pour comprendre les problématiques scientifiques traitées par l’équipe.

Savoir-faire :

• Développer en Python et Java, notamment avec Spring.
• Concevoir et maintenir des flux d’intégration de données de type ETL.
• Développer des applications web et des services web.
• Utiliser ou administrer des outils tels qu’Elasticsearch.
• Comprendre les pratiques d’intégration continue et de DevOps.
• Maîtriser l’anglais technique et scientifique.

Savoir-être :

• Rigueur et sens de l’organisation.
• Goût pour le travail en équipe.
• Capacité à communiquer avec différents interlocuteurs.
• Curiosité et intérêt pour la veille scientifique et technique.

Aptitudes recherchées : La maitrise de l’anglais est souhaitée.

Niveau d’études minimum requis

• Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents

NOTRE AMBITION : AGIR POUR LA VIE, L’HUMAIN, LA TERRE

Premier organisme de recherche spécialisé au monde en agriculture, alimentation et environnement, INRAE est né le 1er janvier 2020 de de la fusion entre l’INRA et IRSTEA. Nous sommes une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et une quarantaine d’unités expérimentales implantées dans 18 centres sur toute la France.