Senior Softwareentwickler

SIB Institut Suisse De Bioinformatique
Basel, Switzerland
6 days ago

Role details

Contract type
Permanent contract
Employment type
Full-time (> 32 hours)
Working hours
Regular working hours
Languages
Italian, English, French, German
Experience level
Senior

Job location

Basel, Switzerland

Tech stack

API
Agile Methodologies
Automation of Tests
Bioinformatics
Cloud Computing
Continuous Integration
Data Transmissions
Django
Interoperability
Python
OpenStack
Software Architecture
Query Optimization
Cadence Virtuoso
Semantic Web
Software Engineering
SPARQL
Fast Healthcare Interoperability Resources
Flask
GIT
FastAPI
Kubernetes
Information Technology
Health Level Seven International
Software Version Control
Docker

Job description

Über uns Das Swiss Personalized Health Network (SPHN) ist ein nationales Netzwerk, das vom Staatssekretariat für Bildung, Forschung und Innovation (SERI) beauftragt wurde, die sichere Wiederverwendung von Gesundheitsdaten für Forschung und Innovation zu ermöglichen. Seine Mission ist es sicherzustellen, dass klinische Informationen, die in Schweizer Krankenhäusern gesammelt werden, FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) gemacht und institutionsübergreifend vergleichbar sind. SPHN fördert Interoperabilität auf zwei sich ergänzenden Ebenen:

  • Semantische Interoperabilität durch gemeinsame Datenmodelle, Ontologien und Terminologien, die es ermöglichen, Gesundheitsdaten institutionsübergreifend konsistent zu verknüpfen, abzufragen und zu verstehen.
  • Computationale Interoperabilität durch BioMedIT, eine sichere föderierte IT-Infrastruktur, die Schweizer Krankenhäuser und Forschungseinrichtungen verbindet und vertrauenswürdige Umgebungen für datenschutzfreundlichen Datentransfer, Speicherung und Analyse bereitstellt.

Zur Stärkung seiner semantischen Ebene sucht SPHN einen Senior Softwareentwickler mit fundierter Expertise in Semantic Web-Technologien, insbesondere SPARQL, und einem soliden Verständnis von Datenpipeline-Infrastrukturen und -Architekturen. Der erfolgreiche Kandidat wird zur Gestaltung und Implementierung von Lösungen beitragen, die semantische Interoperabilität im Schweizer Gesundheitsdaten-Ökosystem in die Praxis umsetzen. Verantwortung/Aufgaben

  • Mitwirkung bei der Gestaltung und Implementierung von Ontologien, Datenmodellen und APIs zur Unterstützung der semantischen Interoperabilität von Gesundheitsdaten.
  • Entwicklung und Pflege semantischer Datendienste mit Fokus auf SPARQL-Abfrageoptimierung und Integration mit RDF-Triplestores (z. B. GraphDB, Virtuoso).
  • Erstellung von Tools und Workflows zur Unterstützung der Angleichung von Gesundheitsdatensätzen an internationale medizinische Informatikstandards (FHIR, SNOMED CT, LOINC, HealthDCAT).
  • Zusammenarbeit mit Klinikern, Forschern und IT-Spezialisten zur Übersetzung von Anforderungen an semantische Interoperabilität in robuste technische Lösungen.
  • Leitung der Entwicklung und On-Premises-Implementierung von ETLs und Software wie dem SPHN Connector und Einstein, die eine sichere und standardisierte Datenerkundung in der ganzen Schweiz ermöglichen.

Profilanforderungen

Requirements

Ausbildung und Erfahrung

  • Mindestens ein Masterabschluss in Informatik, Software Engineering, Bioinformatik oder einem verwandten Bereich sowie fünf Jahre Erfahrung in der Softwareentwicklung oder bei Dateninfrastrukturprojekten oder gleichwertige und zusätzliche Berufserfahrung in einem relevanten Bereich.

Technische Anforderungen

  • Fundierte Expertise in Semantic Web-Technologien (RDF, SPARQL, SHACL).
  • Praktische Erfahrung mit Triplestores (z. B. Virtuoso, GraphDB, Jena Fuseki, Stardog).
  • Solide Python-Entwicklungsfähigkeiten, idealerweise einschließlich Frameworks wie FastAPI oder Django/Flask, und Vertrautheit mit Datenverarbeitungsbibliotheken.
  • Gutes Verständnis von Softwarearchitekturen, idealerweise mit Erfahrung in Cloud- und HPC-Infrastrukturen; Erfahrung mit OpenStack.
  • Erfahrung mit agiler Entwicklung, Versionskontrolle (Git) und CI/CD-Pipelines für automatisierte Tests und Deployment.

Wünschenswert

  • Vertrautheit mit medizinischen Informatikstandards (HL7 FHIR, SNOMED CT, LOINC) ist von Vorteil.
  • Praktische Erfahrung mit Containerisierungstechnologien (Docker, Singularity oder Kubernetes) ist von Vorteil.

Soft Skills

  • Eigeninitiative mit der Fähigkeit, sowohl selbstständig als auch im Team zu arbeiten.
  • Starke Problemlösungs- und Analysefähigkeiten, detailorientiert.
  • Fähigkeit, in einer agilen Umgebung zu arbeiten.
  • Ausgezeichnete Kommunikations- und Teamfähigkeiten.
  • Fließende Englischkenntnisse in Wort und Schrift. Französisch, Deutsch oder Italienisch sind von Vorteil.
  • Bereitschaft, neue Technologien zu erlernen.

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