Postdoktorandin/Postdoktorand , Mathematisch-Naturwissenschaftlich-Technische Fakultät

Universität Augsburg
Augsburg, Germany
18 days ago

Role details

Contract type
Temporary contract
Employment type
Full-time (> 32 hours)
Working hours
Regular working hours
Languages
German, English

Job location

Augsburg, Germany

Tech stack

Machine Learning
High Performance Computing

Job description

  • Modellierung und Simulation von Lipidsystemen und Lipid-Nanopartikeln (All-atom MD, constant-pH-Simulationen und coarse-grained Simulationen)
  • Berechnung von Streusignalen aus Simulationsdaten und quantitativer Vergleich mit experimentellen Daten
  • Anwendung von Enhanced-Sampling-Methoden sowie Entwicklung von Machine-Learning-Algorithmen zur Vorhersage von Streudaten für biomolekularer Systeme
  • Betreuung von Übungen in Physik/Biophysik

Requirements

  • Hochschulabschluss in Physik, Biophysik oder einem verwandten Fachgebiet
  • Promotion in computergestützter oder theoretischer Physik bzw. Biophysik
  • Fachkenntnisse in: Computersimulationen, Molekulardynamik-Simulationen, Machine Learning und High-Performance Computing
  • Erfahrung mit Lipidsystemen oder Membransimulationen ist wünschenswert
  • Kenntnisse von Streumethoden sind von Vorteil
  • Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift

Benefits & conditions

mit 100 % TV-L E13, befristet für bis zu 2 Jahre.

Projektüberblick: Lipid-Nanopartikel (LNPs) gehören zu den vielversprechendsten Technologien um RNA-basierten Therapeutika in Zellen zu schleusen. Trotz ihrer biomedizinischen Bedeutung sind die molekularen Mechanismen, die den pH-abhängigen Strukturübergängen, Membranfusion und RNA-Freisetzung zugrunde liegen, bislang unzureichend verstanden. Ziel dieses Projekts ist es, die grundlegenden biophysikalischen Mechanismen aufzuklären, durch die ionisierbare Lipide das strukturelle und funktionelle Verhalten in ionisierbaren Lipidsystemen und Lipid-Nanopartikeln regulieren. Der Forschungsschwerpunkt liegt auf der Modellierung von Lipidsystemen und der Durchführung von Molekulardynamik-Simulationen (MD). Darüber hinaus umfasst das Projekt die Berechnung von Neutronen- und Röntgenstreusignalen aus Simulationen sowie deren quantitativen Vergleich mit experimentellen Daten.

Relevante Arbeiten: https://doi.org/10.1073/pnas.2310491120, https://doi.org/10.1063/5.0172552, https://doi.org/10.1039/d3nr00987d, * Exzellente und interdisziplinäre Forschung im Bereich biomolekularer Simulationen

  • Enge Zusammenarbeit mit experimentellen Arbeitsgruppen
  • Ein herausragendes, kooperatives und integriertes Forschungsumfeld im Großraum München
  • Zugang zu modernen Hochleistungsrechnern

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