Scientific Programmer-Computational Protein Design and Engineering

Die wissenschaftliche Programmiererin bzw. der wissenschaftliche Programmierer wird für die Entwicklung und Implementierung von computergestützten Workflows im Bereich Proteindesign und Protein-Engineering verantwortlich sein. Darüber hinaus unterstützt und begleitet sie bzw. er die Durchführung entsprechender Projekte und administriert die verfügbare Hardware. Zu den wesentlichen Aufgaben gehören:

• Durchführung von Laborbesuchen zur Beratung, Diskussion und Identifikation spezifischer Anforderungen und Potenziale für den Einsatz von Proteindesign- und Protein-Engineering-Methoden
• Enge Zusammenarbeit mit dem Protein Design Accelerator Technology Hub, der ebenfalls Teil von Bio-SysteM ist und sich auf demselben Campus in unmittelbarer Nähe befindet
• Durchführung von Einführungskursen zu den computergestützten Workflows in diesem Anwendungs-bereich
• Enge Zusammenarbeit mit Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern bei der Entwicklung fortgeschrittener computergestützter Workflows, mit der Perspektive, in einigen Projekten eine führende Rolle zu übernehmen Beratung und Unterstützung von Forschenden bei Aufgaben im Bereich Proteindesign und Protein-Engineering
• Administration der Hard- und Software für den Bereich Proteindesign und Protein-Engineering: Der bzw. die Eingestellte verfügt über entsprechende Hardware-Ressourcen, die den Mitgliedern von BioSysteM zur Verfügung gestellt werden sollen
• Forschungsdatenmanagement: Entwicklung und Überwachung der Datenharmonisierung innerhalb des Clusters im Bereich Proteindesign und Protein-Engineering (in Zusammenarbeit mit den Data Stewards von BioSysteM)
• Vernetzung von Forschenden, die an ähnlichen Fragestellungen arbeiten, sowie Einbindung externer Ex-pertinnen und Experten (über das AI Advisory Board von BioSysteM und das Munich Data Science Insti-tute, MDSI) Unser Angebot

• Promotion (PhD) in Bioinformatik, Strukturbiologie, Biophysik, Biochemie oder einem verwandten Fachgebiet
• Erfahrung im computergestützten Proteindesign und/oder Protein-Engineering
• Fundierte Kenntnisse im wissenschaftlichen Software-Engineering
• Erfahrung mit einigen (idealerweise allen) der folgenden Softwarepakete: RFdiffusion ProteinMPNN Rosetta AlphaFold
• Erfahrung in der Durchführung (idealerweise auch Leitung) interdisziplinärer Forschungsprojekte sowie in der wissenschaftlichen Kommunikation
• Kenntnisse in der Administration von Recheninfrastrukturen für computergestütztes Proteindesign bzw. Protein-Engineering

eine Vollzeitstelle als wissenschaftliche Mitarbeiterin bzw. wissenschaftlicher Mitarbeiter mit der Möglichkeit, in einem Team von Expertinnen und Experten (Fachspezialistinnen und Fachspezialisten) innerhalb der AI Core Unit zu arbeiten. Die AI Core Unit ist in ein exzellentes Forschungsumfeld eingebettet und verfügt über hervorragende, eigenständig verwaltete Geräte und Ressourcen. Die Stelle ist auf die Laufzeit der Förderung von BioSysteM befristet. Die Vergütung erfolgt nach dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L).

Der Exzellenzcluster BioSysteM ist ein internationales Forschungsnetzwerk, in dem Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler der beiden Münchner Universitäten, des Helmholtz Zentrums München sowie des Max-Planck-Instituts für Biochemie interdisziplinär zusammenarbeiten. Seit dem 1. Januar 2026 wird der Cluster von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) im Rahmen der Exzellenzstrategie von Bund und Ländern gefördert. Die Technische Universität München (TUM) fungiert dabei als koordinierende Uni-versität. Ziel von BioSysteM ist es, zu verstehen, wie biologische Systeme gezielt entworfen und gesteuert werden können. Ein integraler Bestandteil von BioSysteM ist die AI Core Unit, eine institutionsübergreifende Unter-stützungseinheit. Ihr Ziel ist es, Methoden des Machine Learning (ML) und der Künstlichen Intelligenz (KI) den Mitgliedern des Exzellenzclusters zugänglich zu machen und deren Weiterentwicklung zu fördern. Die Einheit wird zentrale Dienste aufbauen, die einen effizienten Einsatz von KI-Werkzeugen innerhalb des Clusters ermöglichen. Neben der Leitung umfasst die AI Core Unit ein kleines Team erfahrener wissenschaftlicher Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. Eine zentrale Aufgabe der Einheit besteht in der präzisen Organisation, Harmonisierung und dem Aus-tausch von Forschungsdaten, um den Einsatz von ML-Methoden voranzutreiben. Von besonderer Bedeutung sind dabei die Definition von Standards und Datenbanken für experimentelle Protokolle und digitale Workflows, insbesondere für den Aufbau eines Repositoriums validierter Laborprotokolle. Für eine zentrale Rolle innerhalb dieser Einheit suchen wir eine Expertin oder einen Experten für computergestütztes Proteindesign und Protein-Engineering. Die Person sollte mit den gängigen Pipelines und Arbeitsabläufen vertraut sein. Auf Grundlage ihrer technischen Expertise wird sie die Implementierung und Durchführung von Projekten im Bereich computergestütztes Proteindesign und Protein-Engineering in Zusammenarbeit mit Mitgliedern von BioSysteM unterstützen. Für die Umsetzung dieser Aufgaben steht die Recheninfrastruktur der Core Unit zur Verfügung.