Ingénieur d'études en plateforme bio-informatique Support à l'analyse de données omiques

• Conseiller, lors de la construction d’un projet, sur les méthodes et outils pertinents lors de l’élaboration d’un pipeline complet de séquençage et analyse de résultats.

• Accompagner le traitement et l’exploitation des données, mise en place ou adaptation de pipelines pour leur analyse et interprétation, tout en assurant le débo-gage des scripts en cas d’arrêt d’exécution sur le cluster.

• Contribuer à la valorisation des résultats à travers des outils visuels, des rapports analy-tiques ou des publications.

• Accompagner la gestion du cycle de vie des données du calcul, leur organisation, leur suivi et leur exploitation jusqu’à la visualisation

• Assurer le transfert de connaissances et des savoir- faire par la participation aux réunions bioinformatiques, la conduite de formations et l’accompagnement de scientifiques Ce poste implique un rôle clé dans l’accompagnement des équipes pour les rendre autonomes tout en répondant aux besoins techniques et scientifiques des projets.

DESCRIPTIF DES ACTIVITÉS 1) Accompagnement et conseil scientifique

• Soutenir les équipes de biologie du site des Grands Moulins (BFA, EDC, IJM) dans la définition des analyses nécessaires pour répondre à leurs questions biologiques, depuis la conception des projets jusqu’à la valorisation des résultats.

• Fournir des recommandations sur les techniques de séquençage (type, profondeur, para-mètres) et les stratégies analytiques adaptées, en favorisant une approche collaborative et l’autonomie des équipes.

• Aider les utilisateurs à comprendre et exploiter efficacement les outils bioinformatiques disponibles pour leurs analyses. 2) Support technique collaboratif

• Accompagner les utilisateurs dans la résolution des difficultés techniques en bioinforma-tique, tout en leur apportant les outils nécessaires pour gagner en autonomie.

• Accompagner les utilisateurs dans l’utilisation du cluster et les assister pour résoudre les problèmes rencontrés.

• Prendre en charge, si nécessaire, des étapes spécifiques d’analyses complexes, tout en trans-férant les compétences pour pérenniser l’expertise au sein des équipes. 3) Formation et transfert de compétences

• Former les membres des équipes à l’utilisation des outils bioinformatiques et à l’interprétation des résultats, en favorisant leur montée en compétences.

• En coordination avec les autres intervenants d’iPOP-UP, proposer des sessions de formation ou des ateliers pour renforcer l’autonomie des équipes sur des outils ou méthodes spéci-fiques.

• Participer à la formation et aux conseils à l’utilisation du cluster et sa documentation. 4) Conception et diffusion méthodologique

• Mettre en place et adapter des pipelines bioinformatiques en collaboration avec les cher-cheurs, en s’assurant de leur appropriation par les équipes.

• Documenter des outils et pipelines pour l’analyse des données omiques, à plus long terme possibilité d’aider au développement d’outils innovants.

• Garan, Cité s’appuie sur les compétences et l’engagement de l’ensemble de ses communautés académiques, administratives et techniques, et sur le dynamisme de sa communauté étudiante, pour développer des projets de recherche et de formation à forte valeur ajoutée, et former les citoyennes et les citoyens de demain, dans un monde en transition., hébergée au sein de l’Unité Biologie Fonctionnelle et Adaptative, BFA), la plateforme iPOP-UP est dédiée à la recherche en biologie intégrative. Elle s’inscrit également dans un réseau collaboratif visant à fédérer les expertises entre laboratoires et instituts, renforçant ainsi les synergies scientifiques. La mission principale d’iPOP-UP est de soutenir les équipes de recherche dans la gestion et l’analyse des données complexes issues des approches omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, etc.) et de la biologie structurale. Cette plateforme permet en effet aux biologistes comme aux bioinformaticiens, quel que soit leur niveau en bioinformatique, de réaliser des analyses pertinentes pour leurs projets de recherche.

Connaissances

• Expertise en bioinformatique, notamment dans l’analyse de données omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, etc.).

• Bonne connaissance des techniques de séquençage (RNA- seq, WGS, etc.) et des paramètres expérimentaux associés.

• Maîtrise des outils bioinformatiques et des environnements de calcul haute performance (utilisation de clusters, scripting en Python ou R, et Bash).

• Une expérience dans la conception, l’adaptation et l’optimisation de pipelines bioinforma-tiques (gestionnaire snakemake, nextflow, …) serait un plus.

• Une connaissance des outils de gestion de version, tels que Git, pour assurer la traçabilité et la reproductibilité des analyses, serait appréciée.

• Une connaissance des standards FAIR pour la gestion des données de recherche serait appré-ciée connaissance de l’anglais scientifique, écrit et oral. Savoir-faire - Compétences opérationnelles

• Rigueur et autonomie dans la gestion des projets, avec une capacité à anticiper les besoins des utilisateurs.

• Aptitude à prioriser les tâches et à respecter les délais dans un contexte multidisciplinaire.

• Habitude de documenter et de structurer les workflows pour garantir leur accessibilité et leur pérennité. Savoir-être - Compétences comportementales

• Esprit collaboratif : Capacité à travailler en équipe et à interagir avec des chercheurs de ni-veaux variés en bioinformatique.

• Pédagogie : Aptitude à expliquer des concepts techniques complexes, à former les cher-cheurs et à les accompagner vers une plus grande autonomie dans leurs analyses.

• Empathie et écoute : Comprendre les besoins spécifiques des projets et adapter le soutien fourni, tout en favorisant la montée en compétences des utilisateurs.

• Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
• Expérience souhaitée Non renseigné
• Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
• Catégorie Catégorie A+ (Encadrement supérieur - Autres emplois fonctionnels)
• Management Non renseigné
• Télétravail possible Non renseigné, Vacant à partir du 09/10/2025

Ancrée au cœur de la capitale, l’Université Paris Cité est une université de recherche intensive, omnidisciplinaire, labélisée IdEx, avec une forte dimension professionnalisante. Elle se positionne au meilleur niveau international pour le rayonnement et l’originalité de sa recherche, la diversité et l’attractivité de ses parcours de formation, sa capacité d’innovation et sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation. Université à impact positif pour la société, l’Université Paris Cité a fait de la « santé planétaire » sa signature : « des êtres humains en bonne santé, au sein de sociétés en bonne santé, sur une planète en bonne santé ». Lauréate de nombreux appels à projet d’investissements d’avenir (PIA), l’Université Paris, Issue d’un projet Idex associant l’Unité Epigénétique et Destin Cellulaire (EDC), l’Institut Jacques Monod (IJM), l’Institut Cochin, et la plateforme Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale (RPBS