en Bio-Informatique H/F

Nous recrutons un·e ingénieur de recherche pour rejoindre un projet de rupture visant à améliorer le diagnostic et le traitement de l’ischémie mésentérique aiguë (IMA), en combinant plusieurs approches de recherche autour de deux axes majeurs. L’IMA est un accident vasculaire de l’intestin dont la mortalité demeure environ six fois supérieure à celle de l’infarctus du myocarde, en raison de grandes difficultés diagnostiques et de l’absence de traitement spécifique. Ce projet, au coeur des pathologies cardio-vasculaires, digestives et d’urgence, est porté par une équipe leader internationale dirigée par les Pr Corcos et Nuzzo (AP-HP, Inserm U1148 LVTS), labellisée FHU TSUNAMI (Towards Strategies for Unmet Needs in Acute Mesenteric Ischemia) en Île-de-France pour 2025-2030.Nous recrutons un·e ingénieur de recherche pour ce projet innovant, combinant plusieurs approches de recherche autour de deux axes majeurs :

1.Développement de biomarqueurs diagnostiques pour l’ischémie mésentérique

• Exploitation d’une biobanque de sang humain.
• Validation de données métabolomiques existantes et acquisition de nouvelles données protéomiques.
• Analyses intégrées et évaluation de leur valeur pronostique et thérapeutique.
• Développement de pipelines bioinformatiques pour intégrer des données multi-omiques (protéomique, métabolomique).
• Interaction avec nos collaborateurs pour dévelloper les outils de machine learning pour entraîner et comparer différents modèles (régressionæ logistique, Random Forest, SVM, réseaux de neurones, etc.) afin d’identifier les meilleures combinaisons de biomarqueurs à usage clinique.

1. Identification et évaluation de nouvelles cibles thérapeutiques - Étude des mécanismes de la thrombo-inflammation dans un modèle murin d’ischémie-reperfusion mésentérique. - Analyse du rôle du microbiote intestinal et des traitements antibiotiques. - Profilage métabolique du microbiote par LC-MS et intégration de…, Activitésassociées- Etablir une documentation claire et reproductible des analyses- Participer aux réunions d’équipe- Participer à la rédaction de compte-rendu et d’article scientifique- Traiter et analyser les données, mettre en forme les résultats pour leurs présentations.- Rédiger des rapports d’expériences ou d’études, des protocoles et notes techniques. Former des personnels aux méthodologies associées au projet.Connaissances :- Connaissances en modélisation statistique et/ou apprentissage machine.- Connaissances en analyse de données métabolomique et protéomique.- Connaissance des bases de données biologiques (Ensembl, NCBI, etc.).Savoir-faire: - Maîtrise de Python et/ou R pour l’analyse statistique et l’intégration multi-omique.- Aisance et capacité à travailler dans un environnement collaboratif multidisciplinaire et excellente capacité de communication scientifique.- Maîtrise de l’anglais écrit et parlé, Etablir une documentation claire et reproductible des analyses - Participer aux réunions d’équipe - Participer à la rédaction de compte-rendu et d’article scientifique - Traiter et analyser les données, mettre en forme les résultats pour leurs présentations. - Rédiger des rapports d’expériences ou d’études, des protocoles et notes techniques. Former des personnels aux méthodologies associées au projet.

Connaissances en modélisation statistique et/ou apprentissage machine.

• Connaissances en analyse de données métabolomique et protéomique.
• Connaissance des bases de données biologiques (Ensembl, NCBI, etc.)., Maîtrise de Python et/ou R pour l’analyse statistique et l’intégration multi-omique.
• Aisance et capacité à travailler dans un environnement collaboratif multidisciplinaire et excellente capacité de communication scientifique.
• Maîtrise de l’anglais écrit et parlé

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Machine learning Anglais SGBD Python Bio-informatique Statistiques Analyse de données Compte-rendu

Laboratoire de Recherche Vasculaire Translationnelle - U1148

Situé au GH BICHAT CLAUDE BERNARD ( Paris 18)