en bioinformatique et développement logiciel (H/F)

Nous recrutons un ingénieur de recherche en bioinformatique pour rejoindre le PEPR Dynabiod « Dynamiques de la biodiversité terrestre dans l’anthropocène : comprendre pour agir », un programme de recherche visant à concevoir et déployer des outils de suivi de la biodiversité nouvelle génération, basés notamment sur l’ADN environnemental (ADNe). Les missions principales consisteront à :

• Développer un package R permettant d’évaluer des amorces et marqueurs moléculaires utilisés pour le métabarcoding ADN
• Mettre en place un système de gestion des séquences ADN de référence spécifiques aux marqueurs moléculaires utilisés pour le programme
• Si le temps le permet, développer une application web associée au package

L’Activité

• Concevoir et développer en langage R (fonctions, tests unitaires, documentation)
• Automatiser l’interrogation de ressources en ligne (Genbank, BOLD, SILVA, etc) pour la création et la mise à jour des bases de référence
• Communiquer et valoriser les résultats auprès de la communauté scientifique (présentations lors de réunions du consortium, conférences ou workshops, participation à la rédaction des publications scientifiques valorisant les outils développés)

Savoirs / Connaissances scientifiques et techniques :

• Master ou diplôme d’ingénieur avec expérience 2 ans en développement logiciel bioinformatique
• Connaissance théorique des techniques d’ADN environnemental, de barcoding et de métabarcoding appréciées

Savoir-faire :

• Maîtrise des environnements de travail Unix
• Maîtrise de R et des packages de développement (devtools, roxygen2, testthat, usethis)
• Utilisation de Git pour la gestion des versions et de forges logicielles (GitLab/GitHub)
• Utilisation d’un cluster de calcul partagé appréciée
• Connaissances en développement d’applications web et bases de données appréciées
• Anglais technique (lecture & rédaction de publications/documentation)

Savoir-être :

• Rigueur méthodologique
• Sens du travail collaboratif
• Curiosité
• Prise d’initiative
• Sens de l’organisation

Votre Environnement de Travail

L’ingénieur sera intégré au Pôle de Génomique Environnementale et contribuera au Programme Ciblé « Standards, procédures et protocoles pour l’inventaire et les suivis modernes de la biodiversité et des interactions passées et actuelles » du PEPR Dynabiod.

Le PEPR Dynabiod, financé par l’Agence Nationale de la Recherche via le Plan d’Investissement d’Avenir France 2023, vise à approfondir la compréhension des dynamiques de la biodiversité terrestre -plantes et invertébrés- afin de mieux la préserver. Coporté par le CNRS et le MNHN, Dynabiod fédère une communauté scientifique pluridisciplinaire mobilisant des approches innovantes (génomique environnementale, télédétection, intelligence artificielle, sciences participatives…) pour caractériser et comprendre les variations temporelles de la biodiversité, passées (grâce aux collections d’histoire naturelle), présentes (dispositifs de suivis) et futures (scénarios). Ce programme de recherche offre un cadre collaboratif d’envergure nationale impliquant de nombreux laboratoires de recherche.

Le poste sera basé au Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement (CRBE), localisé sur le campus de l’Université de Toulouse. Vous rejoindrez le plateau technique « Biologie moléculaire et Microbiologie » (B2M) au sein de son service bioinformatique spécialisé.

Contraintes et risques

Risques liés au travail sur écran

à partir de 3143,64€ bruts par mois selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement, Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.