outils d'analyse de données microbiennes en santé des plantes.

Avec l’aide de l’équipe Pléiade, la personne recrutée sera amenée à poursuivre le développement d’outils d’analyse de données omiques, basées sur des techniques de réduction de dimension (NMF, NMF couplée). Un objectif fort est l’obtention in fine d’interfaces utilisables par des utilisateurs externes et l’automatisation de la production de graphique servant de tableau de bord pour l’analyse de données microbiennes.

Collaboration : La personne recrutée sera en lien avec les membres du projet GETUP, en particulier avec les membres de l’équipe d’écologie microbienne de l’UMR SAVE (INRAE).

Responsabilités : La personne recrutée a la charge du développement informatique des interfaces et prendra des initiatives pour assurer l’accessibilité des outils développés., * développement d’outils de réduction de dimension basé sur la NMF

• automatisation des pipelines d’analyse
• développement d’une interface (type shiny ou jupyter) produisant des graphiques (tableau de bord) synthétisant l’analyse de données microbiennes.

Compétences techniques et niveau requis :

• des compétences en statistiques grandes dimension, méthodes de réduction de dimension et data sciences sont nécessaires (niveau M2).
• programmation (python ou R).

Langues :

• Français
• Parler anglais est un plus

Compétences relationnelles :

• A l’écoute, curieux ou curieuse, dynamique., La personne recrutée aura un bagage solide en data science ainsi que des compétences avérées en programmation (python ou R). Une première expérience de développement de pipeline serait appréciée sans être indispensable.

En forte interaction avec des collègues écologues microbiens, la personne recrutée devra faire preuve de pédagogie et être à l’écoute des remarques qui lui sont faites.

Se sentir à l’aise dans un environnement de dynamique scientifique, aimer apprendre et écouter sont des qualités essentielles pour réussir cette mission

A propos d’Inria

• Restauration subventionnée
• Transports publics remboursés partiellement
• Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d’autorisations d’absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
• Possibilité de télétravail et aménagement du temps de travail
• Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
• Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d’Inria)
• Accès à la formation professionnelle
• Sécurité sociale

Rémunération

Le salaire mensuel sera entre 2692€ brut et 3085€ brut (selon l’expérience)

A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

Le centre Inria de l’université de Bordeaux est un des neuf centres d’Inria en France et compte une vingtaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d’un riche écosystème de R&D et d’innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l’enseignement supérieur, laboratoires d’excellence, institut de recherche technologique…

Contexte et atouts du poste

Dans le cadre du projet GETUP (projet Parsada porté par Corinne Vacher, UMR SAVE, INRAE) nous recrutons un ou une ingénieure de recherche pour développer des pipelines d’analyse de données microbiennes en santé des plantes.

La personne recrutée aura 3 objectifs principaux: 1) elle développera des biomarqueurs de santé des communautés microbiennes de la vigne. Pour cela, elle poursuivra des recherches déjà initiées dans l’équipe, en se centrant sur la sélection de micro-organismes sentinelles. 2) elle construira des pipelines d’analyse de données de suivi de populations microbiennes automatisant le suivi de ces biomarqueurs, en ajoutant des méthodes de sélection de variable. Ces méthodes seront validées sur des données simulées et réelles. 3) elle produire une interface (de type Shiny ou jupyter notebook) mettant en forme ces résultats de façon à faciliter un diagnostic de santé des communautés microbiennes., Inria, l’institut national de recherche dans les sciences et technologies du numérique, est en appui de l’État pour les stratégies nationales de recherche et d’innovation du numérique en tant qu’Agence de programmes. Inria mène plus de 300 projets de recherche et d’innovation avec ses 3500 scientifiques, ingénieurs et personnels d’appui, en partenariat avec les universités et l’écosystème numérique (entreprises, entrepreneurs, acteurs publics). Ensemble, nous explorons des domaines clés comme l’intelligence artificielle, la cybersécurité, l’informatique quantique, le Cloud, la transformation numérique de la santé, les jumeaux numériques ou encore les technologies numériques pour la défense. Nous construisons des solutions concrètes telles que des logiciels, des startups technologiques, des partenariats avec les entreprises du tissu national et des formations de pointe. Notre objectif : l’impact scientifique, technologique et industriel au service de la souveraineté numérique de la France.