Ingénieur(e) en bio-informatique - Transcriptomique single-cell / single-nucleus (H/F)

Notre objectif est de comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires qui régissent le fonctionnement des vaisseaux cérébraux dans des conditions physiologiques et leurs altérations dans les maladies des petits vaisseaux cérébraux, à l’aide de modèles expérimentaux et d’approches omiques avancées, afin d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques., Vous serez chargé(e) de l’analyse bio-informatique et de l’interprétation de données de transcriptomique à l’échelle de la cellule unique (single-cell RNA-seq) et du noyau unique (single-nucleus RNA-seq), issues de tissus cérébraux et de modèles expérimentaux.

Vous contribuerez à identifier et caractériser les populations cellulaires vasculaires et cérébrales, à analyser leurs programmes d’expression génique et à comparer les états cellulaires entre conditions expérimentales. Vous participerez à l’interprétation biologique des résultats et à leur intégration avec les connaissances scientifiques de l’équipe.

Vos missions

• Réaliser les analyses bio-informatiques de données scRNA-seq et snRNA-seq : contrôle qualité, clustering et annotation des populations cellulaires.
• Identifier et caractériser les types et sous-types cellulaires
• Analyser les différences d’expression génique et les voies moléculaires associées aux conditions étudiées.
• Comparer et intégrer des données transcriptomiques issues de différentes conditions expérimentales et espèces.
• Visualiser les résultats, interpréter les données en collaboration avec l’équipe et contribuer à leur valorisation scientifique., * Participer à un projet de recherche ambitieux sur les mécanismes cellulaires et moléculaires des maladies cérébrovasculaires.
• Travailler à l’interface entre bio-informatique, génomique et biologie expérimentale, dans un environnement scientifique stimulant et collaboratif.
• Contribuer directement à la production et à la valorisation de résultats scientifiques originaux.

• Formation : Bac+5 minimum (Master 2 ou diplôme d’ingénieur) en bio-informatique, biostatistique, génomique, biologie computationnelle ou domaine équivalent.
• Compétences indispensables :
• Maîtrise du langage R pour l’analyse et la visualisation de données biologiques.
• Expérience pratique en analyse de données scRNA-seq et/ou snRNA-seq.
• Bonne connaissance des méthodes statistiques et des principales approches d’analyse transcriptomique à cellule unique.
• Compétences appréciées :
• Maîtrise de Seurat et connaissance des outils d’analyse single-cell associés.
• Expérience en analyse d’expression différentielle, enrichissement fonctionnel et intégration de jeux de données.
• Expérience en annotation de populations cellulaires et exploitation de bases de données transcriptomiques publiques.
• Connaissances en Python.
• Qualités recherchées : rigueur scientifique, autonomie, esprit critique, capacité à résoudre des problèmes méthodologiques et aptitude à travailler en interaction étroite avec des chercheurs expérimentateurs.
• Connaissances en neurosciences, biologie vasculaire ou biologie cellulaire : appréciées.

Rémunération : 30 000,00€ à 40 000,00€ par an

Avantages :

• Prise en charge du transport quotidien
• Restaurant d’entreprise

Lieu du poste : En présentiel

Nous sommes une équipe de recherche Inserm basée à l’Institut de Psychiatrie et Neurosciences de Paris, spécialisée dans l’étude des maladies des petits vaisseaux cérébraux. Ces pathologies, pour lesquelles il n’existe actuellement aucun traitement curatif, sont responsables d’environ 25 % des accidents vasculaires cérébraux et constituent une cause majeure de handicap et de démence.