en développement C/C++ d'1 an

Inria recrute en CDD de 12 mois un·e ingénieur e développement en C/C++ pour le consortium VidjilNet, afin d'assister les structures hospitalières ayant choisi de travailler avec le logiciel Vidjil pour l'analyse bio-informatique des données de séquençage.

Définition du poste et du service.

La plateforme logicielle Vidjil traite les données de séquençage haut-débit dans le cadre de l'analyse de répertoire immunitaire, et plus particilièrement dans le diagnostic et le suivi des leucémies. Elle a deux versants, l'un en recherche bioinformatique, l'autre en routine hospitalière. La plateforme est déjà utilisée en routine hospitalière par plus d'une trentaines d'équipes à travers le monde.

La plateforme repose sur 3 composants principaux:

• Algorithme: pièce centrale du projet codée en C++, elle permet d'analyser les données de séquençage pour en tirer des informations structurées sur le repertoire immunogénétique.
• Serveur: Il permet de manipuler les données, de les charger et les organiser, ainsi que de lancer des pipelines d'analyses bioinformatiques prédéfinis
• Client: Il s'agit d'une page de visualisation interactive permettant aux cliniciens d'explorer les données pour poser un diagnostic.

Le projet rentre en phase d'incubation pour la création d'une startup qui devrait être lancée en fin d'année 2026. Dans le cadre de ce contrat d'un an, l'ingénieur e prendra en charge les évolutions du logiciel (sur les aspects algorithmiques) prévus sur les prochains mois par le comité scientifique et technique du consortium VidjilNet. L'ingénieur e pourra également participer à du support de premier niveau auprès des utilisateurs, jusqu'à la création de la startup qui assurera ensuite ces missions.

L'employeur sera l'Inria et sera localisé au centre Inria de l'université de Rennes, sur le campus de Beaulieu. Le contrat sera effectué au sein de l'équipe porteuse du projet de startup composé d'un bioinformaticien et d'un ingénieur logiciel. Un lien direct sera établi avec les deux enseignants chercheurs ayant developpé le composant algorithmique. Ils suivront et orienteront le développement apporté par l'ingénieur·e., D'une part, l'ingénieur·e contribuera au développement et à l'optimisation C++ du composant algorithmique du logiciel Vidjil pour répondre aux perspectives dressées par le comité scientifique et technique pour les prochains mois. En particulier, il s'agira d'une part d'optimiser le traitement effectué et également d'étendre l'approche algorithmique à des situations plus larges afin de répondre aux besoins actuels des hôpitaux.

D'autre part, l'ingénieur e pourra participer au support sur la plateforme lorsque celui-ci sera porté sur le composant algorithmique. L'ingénieur e prendra également en compte les rapports de bugs et suggestions d'évolutions. L'ingénieur e peut aussi réaliser des prototypes exploratoires destinés à explorer la faisabilité de certaines demandes d'évolutions.

Principales activités

• Participer aux développements sur le logiciel, en fonction des priorités définies sur la feuille de route du consortium
• Fournir un support de premier niveau, intervenir sur les dysfonctionnements.
• Rendre compte régulièrement du travail entrepris et prévu auprès de ses responsables.
• Coordonner ses interventions avec les autres personnels travaillant pour le consortium VidjilNet
• Contribuer à la promotion du consortium VidjilNet
• L'animation de réunions et séminaires d'échanges avec la communauté
• Apporter un support en bio-informatique aux utilisateurs de vidjil

Compétences techniques attendues

• Maîtriser le développement logiciel, en particulier en C ou en C++
• Des compétences avancées dans certains de ces domaines seraient souhaitées : algorithmes, graphes, automates, arbres, structures de données, complexité
• Avoir des connaisssances sur les languages python et bash
• Avoir une expérience de git

Capacités personnelles

• Diplôme souhaité : M2 bio-informatique ou PhD
• Envie de travailler en équipe, d'échanger avec de nombreuses équipes différentes
• Capacité à communiquer avec des non spécialistes
• Sens de l'organisation, rigueur, esprit critique.
• Capacité à assurer un reporting clair et régulier.
• Maîtrise de l'anglais scientifique, à l'oral comme à l'écrit, * Compétences dans les langages ou technologies: gitlab-ci, docker
• Une expérience d'au moins 2 ans serait un plus.
• Expérience en bioinformatique, notamment sur le traitement des données de séquençage à haut débit

Salaire à définir selon ancienneté et compétence., * Restauration subventionnée

• Transports publics remboursés partiellement
• Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
• Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
• Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
• Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
• Accès à la formation professionnelle
• Sécurité sociale, Sécurité défense : Ce poste est susceptible d'être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n°2011-1425 relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST). L'autorisation d'accès à une zone est délivrée par le chef d'établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l'arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l'annulation du recrutement.

Politique de recrutement : Dans le cadre de sa politique diversité, tous les postes Inria sont accessibles aux personnes en situation de handicap.

A propos du centre ou de la direction fonctionnelle Le centre Inria de l'Université de Rennes est l'un des huit centres d'Inria et compte plus d'une trentaine d'équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et d'innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l'enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique., La startup en cours de montage est susceptible de proposer un poste pour un e ingénieur e en bioinformatique en 2027., * (web application, updated algorithm, patient/experiment/sample database) Marc Duez, Mathieu Giraud, Ryan Herbert, Tatiana Rocher, Mikaël Salson, Florian Thonier, Vidjil: A web platform for analysis of high-throughput repertoire sequencing, PLOS ONE, 11(11):e0166126 (2016), doi:10.1371/journal.pone.0166126 * (protocol for marker identification in ALL) Patrick Villarese et al., One-Step Next-Generation Sequencing of Immunoglobulin and T-Cell Receptor Gene Recombinations for MRD Marker Identification in Acute Lymphoblastic Leukemia, Immunogenetics, Methods in Molecular Biology 2453, 2022, pp. 43-59, doi:10.1007/978-1-0716-2115-8_3 * (protocol for assessment of mutational status in CLL) Anne Langlois de Septenville et al., Immunoglobulin Gene Mutational Status Assessment by Next Generation Sequencing in Chronic Lymphocytic Leukemia, Immunogenetics, Methods in Molecular Biology 2453, 2022, pp. 153-167, doi:10.1007/978-1-0716-2115-8_10, Inria est l'institut national de recherche dédié aux sciences et technologies du numérique. Il emploie 2600 personnes. Ses 215 équipes-projets agiles, en général communes avec des partenaires académiques, impliquent plus de 3900 scientifiques pour relever les défis du numérique, souvent à l'interface d'autres disciplines. L'institut fait appel à de nombreux talents dans plus d'une quarantaine de métiers différents. 900 personnels d'appui à la recherche et à l'innovation contribuent à faire émerger et grandir des projets scientifiques ou entrepreneuriaux qui impactent le monde. Inria travaille avec de nombreuses entreprises et a accompagné la création de plus de 200 start-up. L'institut s'efforce ainsi de répondre aux enjeux de la transformation numérique de la science, de la société et de l'économie.