en Bio-Informatique et Analyse de Données H/F

La personne sera recrutée en tant qu’Ingénieur.e de recherche en bio-informatique et analyse de données sur le projet IMoKiT, dédié à l’étude du rejet chronique humoral en transplantation rénale. Cette personne aura pour missions principales de conduire des analyses multi-omiques intégratives à partir de données génomiques, transcriptomiques et épigénomiques (RNAseq en bulk et single cell, miRNAseq, puces de méthylation) afin d’identifier les facteurs moléculaires clés et les réseaux impliqués dans la physiopathologie des événements chroniques de rejet.

Activités principales

· Conception et mise en oeuvre des pipelines d’analyse de données omiques

· Analyser et intégrer différentes sources de données en grandes dimensions

· Formaliser et valoriser les résultats sous forme de publications et communications scientifiques

· (Co)Encadrer et former des étudiants aux approches analytiques en grandes dimensions

· Organiser la veille, la gestion, et l’actualisation des scripts/données/résultats, immunitaire, 2) de caractériser le rôle immunologique des protéines de surface cellulaire humaine non classifiées et de définir leur potentiel en tant que nouvelles cibles pour les immunothérapies et 3) d’intégrer ces résultats dans des outils personnalisés de décision clinique.Le projet finançant ce poste est le projet IMoKiT, soutenu par l’ANR, qui propose de mener une approche multi-omique intégrative pour mieux comprendre le rejet chronique humoral

· Type de recrutement : CatégorieA, Contractuel.le CDD 2 ans (article L.332-24 du CGFP)

• Formation et/ou qualification : Diplôme de doctorat en biologie moléculaire, bio-informatique ou biostatistiques dans le domaine de la santé. (Les niveaux Bac +5 avec expérience pourront être considérés)

• Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste :

• 2/3 ans post-thèse en analyse bio-informatique dans le domaine de la santé (Les jeunes docteurs, ou les Bac +5 avec expériencepourront être considérés)

• Expérience pratique dans le recueil, l’analyse et traitement de données omiques et des outils de bio-informatique (e.g., R, Python, …)

• Collaboration avec des équipes pluridisciplinaires, incluant chercheurs, bio-informaticiens et cliniciens

• Bonne capacité d’analyse et de rédaction de documents clairs et précis à communiquer à tous niveaux (rapports/procédures/publications scientifiques)

EUR

Gestion des données Python Bio-informatique Analyse de données

Ingénieur·e de Recherche en Bio-Informatique et Analyse de Données H/F

· Versant : Fonction publique d’État· Type de recrutement : CatégorieA, Contractuel.le CDD 2 ans (article L.332-24 du CGFP)- Formation et/ou qualification : Diplôme de doctorat en biologie moléculaire, bio-informatique ou biostatistiques dans le domaine de la santé. (Les niveaux Bac +5 avec expérience pourront être considérés)- Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste : - 2/3 ans post-thèse en analyse bio-informatique dans le domaine de la santé (Les jeunes docteurs, ou les Bac +5 avec expériencepourront être considérés)- Expérience pratique dans le recueil, l’analyse et traitement de données omiques et des outils de bio-informatique (e.g., R, Python, …)- Collaboration avec des équipes pluridisciplinaires, incluant chercheurs, bio-informaticiens et cliniciens- Bonne capacité d’analyse et de rédaction de documents clairs et précis à communiquer à tous niveaux (rapports/procédures/publications scientifiques)

Le CR2TI est une Unité Mixte de Recherche de l’Inserm et de Nantes Université basée sur le campus du CHU de Nantes et le bâtiment IRS2. Il est constitué de 6 équipes de recherche pour un total de 230 personnes principalement dédiées au décryptage des mécanismes immunologiques et à l’amélioration du diagnostic et des traitements dans les domaines de la transplantation d’organes, des maladies inflammatoires, auto-immunes et des maladies infectieuses.

• L’équipe 3, integrative Transplantation, HLA, Immunology and geNomics of Kidney injury (iTHINK), est une équipe interdisciplinaire se composant de cliniciens, biologistes et bio-informaticiens avec un intérêt particulier pour l’étude des mécanismes physiopathologiques en transplantation d’organes. Les principaux objectifs de recherche sont : 1) d’identifier les déterminants immunologiques, génétiques et HLA/immunogénétiques de l’échec de l’allogreffe rénale et d’autres maladies rénales à médiation immunitaire, 2) de caractériser le rôle immunologique des protéines de surface cellulaire humaine non classifiées et de définir leur potentiel en tant que nouvelles cibles pour les immunothérapies et 3) d’intégrer ces résultats dans des outils personnalisés de décision clinique.
• Le projet finançant ce poste est le projet IMoKiT, soutenu par l’ANR, qui propose de mener une approche multi-omique intégrative pour mieux comprendre le rejet chronique humoral, Le CR2TI est une Unité Mixte de Recherche de l’Inserm et de Nantes Université basée sur le campus du CHU de Nantes et le bâtiment IRS2. Il est constitué de 6 équipes de recherche pour un total de 230 personnes principalement dédiées au décryptage des mécanismes immunologiques et à l’amélioration du diagnostic et des traitements dans les domaines de la transplantation d’organes, des maladies inflammatoires, auto-immunes et des maladies infectieuses.L’équipe 3, integrative Transplantation, HLA, Immunology and geNomics of Kidney injury (iTHINK), est une équipe interdisciplinaire se composant de cliniciens, biologistes et bio-informaticiens avec un intérêt particulier pour l’étude des mécanismes physiopathologiques en transplantation d’organes. Les principaux objectifs de recherche sont : 1) d’identifier les déterminants immunologiques, génétiques et HLA/immunogénétiques de l’échec de l’allogreffe rénale et d’autres maladies rénales à médiation