INGÉNIEUR INFORMATIQUE CONCEPTION D'APPLICATIONS EN BIOINFORMATIQUE (F/H)

Structure de rattachement : Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM)

Environnement de travail : La personne recrutée sera intégrée à l'équipe "Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique" (MAB) du LIRMM.

Le Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), situé sur le Campus Saint-Priest, est une Unité Mixte de Recherche, dépendant conjointement de l'Université Montpellier (UM) et du Centre National de la Recherche Scientifique. Ses activités de recherche sont au coeur des sciences et technologies de l'information. L'équipe MAB marie travaux et développement méthodologiques en bioinformatique pour répondre à des questions biologiques essentielles qui couvrent de multiples domaines d'application allant de la biologie fondamentale à l'écologie, l'agronomie, l'environnement et la santé. L'équipe a créée une des toutes premières plateformes de bioinformatique en France, la plateforme ATGC, afin de permettre l'utilisation de logiciels et services de haut niveau en bioinformatique a une large communauté d'utilisat.eurs.rices (scientifiques, académiques, industriels).

La personne recrutée sera intégrée à l'équipe "Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique" (MAB) du LIRMM. Plus d'information à : https://www.lirmm.fr/equipes/MAB/ et http://www.atgc-montpellier.fr/.

MISSION PROPOSÉE

Intitulé du projet : Workflow for Antibody-based Analysis and Anticipation of Virulence and Emergence

Acronyme du projet : Wa3ve

Durée globale du projet : 24 mois

Description sommaire du projet : Une infection par un pathogène viral ou autre introduit des antigènes dans le corps de l'hôte (humain, animal, végétal) qui par sa réponse immunitaire produit des anticorps afin de reconnaitre ces antigènes. La détection d'anticorps nous renseigne donc sur la présence d'une infection, du variant ou de la souche qui infecte, mais nous informe aussi sur les molécules, sur la biologie de l'infection. Cette détection reste difficile lorsque le pathogène est émergent ou lorsqu'un nouveau variant virulent arrive sur une zone géographique, et les solutions commerciales manquent parfois d'efficacité.

Le projet Wa3ve veut faciliter la détection la présence d'anticorps dus à une infection grâce à l'utilisation de la méthode "Luciferase-based Immunoprecipitation" (LIPS). La phase amont de bioinformatique sert à sélectionner et étudier les meilleurs candidats antigènes, puis à concevoir la construction moléculaire qui sert pour leur détection. Cette construction sera produite in vitro par des méthodes maitrisées par A. Gross à l'IRIM. L'ensemble aboutira a un service innovant accessible à une large communauté.

Mission principale :

1. Étude du processus bioinformatique de sélection et état de l'art

2. Conception et élaboration d'algorithmes et d'un pipeline pour la sélection et la caractérisation des candidats antigènes à partir de séquences.

3. Tests et évaluation du flux de traitement bioinformatique pour cette analyse de séquences.

4. Intégration du service à la plateforme de bioinformatique ATGC.

Activités :

• documentation du processus et des données de test et d'évaluation

• étude état de l'art pour les différentes étapes

• conception du pipeline et organisation du développement

• codage en langage informatique (snakemake, python, bash, C++)

• documentation du code

• test et validation

Description précise de l'évènement ou du résultat objectif déterminant la fin de la relation contractuelle ainsi que les modalités d'évaluation et de contrôle de ce résultat : Pipeline informatique permettant de sélectionner les meilleurs candidats antigènes, les meilleurs régions de séquences pour concevoir une ou des séquences utilisables par la méthode "Luciferase-based Immunoprecipitation" (LIPS). Livrables: Code source sur un dépôt, tests automatiques de vérification et d'évaluation, documentation technique et documentation utilisateur du pipeline.

La personne va programmer le pipeline (qui réalise un enchainement d'étapes de calcul) et son exécution sera testée sur un ensemble de plusieurs jeux de données réels. Qui plus nous vérifierons l'état des documentations technique et utilisateur, ainsi que du système automatique de tests unitaires, qui doit aussi fonctionner intégralement sans rapport d'erreur., > Dispositifs de développement des compétences : accès à une grande offre de formation, préparation aux concours internes

Jusqu'à 46 jours de congés / an (pour un temps plein à 38h30) Temps de travail aménageable Jusqu'à 2 jours de télétravail / semaine (selon les modalités de la charte de TT applicable à l'UM) Restauration collective Aide et prestations sociales Prise en charge partielle des abonnements au transport de la ville Accès aux activités sportives, culturelles et de loisirs de l'université Soutien à la parentalité : club de loisirs pour enfant, partenariat de crèches, jours enfant-malade Avantages dépendant de la nature et la durée du contrat, des nécessités de services et des conditions d'éligibilité

très bon niveau de programmation

• connaissance de langages Python, Bash, C++ et un sytème de pipeline

• expérience de la gestion collaborative de code source et du système Linux

• capacité de rédaction de documents techniques et scientifiques

• système d'automatisation des tests de code

• programmation d'applications et d'interfaces interactives

• connaissances en bioinformatique, biologie, génomique.

• bon niveau d'anglais.

Savoir-être :

• aptitude à la communication scientifique, ouverture d'esprit

• rigueur, curiosité pluridisciplinaire et soif d'apprendre

• esprit d'équipe et engagement vis à vis du projet.

Rejoindre l'université de Montpellier, c'est bénéficier de nombreux avantages dans une région qui offre un cadre de vie qualitatif., Rémunération : de 2405€ à 2365€ bruts mensuels, dont 220€ d'indemnité mensuelle des agents contractuels (prime), Type de contrat : CDD de catégorie A

Durée du contrat : 22 mois

Clôture des candidatures : 06/03/2026

Université de recherche intensive, leader mondial en écologie, l'Université de Montpellier est un établissement public expérimental qui figure dans le top 200 du classement de Shanghai. Elle couvre plusieurs champs disciplinaires sciences et techniques, droit, économie, environnement, administration, gestion, médecine, pharmacie, activités physiques et sportives, biologie, informatique, sciences de l'éducation, science politique. Elle a obtenu en 2022 la labellisation I-SITE (Initiative Science Innovation Territoires Economie) qui associe 15 partenaires de recherche et d'innovation du territoire. Ce Programme d'Excellence (PEI) porté par l'Université de Montpellier s'articule autour des enjeux "Nourrir, Soigner, Protéger" et s'appuie sur tous les domaines scientifiques de l'Université et de ses partenaires. Elle coordonne le Pôle Universitaire d'Innovation (PUI). Une université engagée Vigilante envers toutes formes de discriminations, l'Université de Montpellier est engagée pour la promotion de la diversité, l'égalité entre femmes et hommes et pour l'inclusion des personnes en situation de handicap. Elle est attachée aux fondements du service public, à la laïcité, à l'égalité des chances et à l'accès de tous aux savoirs. Elle promeut les valeurs académiques telles que l'éthique, l'intégrité scientifique et la liberté universitaire. L'UM place enfin le développement durable au cœur de sa politique et de son savoir-vivre. Une démarche saluée par le palmarès du Times Higher Education qui la place en tête des universités françaises les plus performantes en terme de développement durable. Dans le cadre de ses engagements, l'université promeut le CV sans photographie.